A maior parte das biópsias é feita com anestesia local ou com a sedação leve do paciente. Geralmente, é um procedimento bastante rápido e indolor. Durante o procedimento, o médico irá recolher o material que será analisado em laboratório.
No caso de biópsias internas, o procedimento é orientado por imagens, por meio de técnicas, como a tomografia computadorizada, a ecografia e a ressonância magnética, meios que possibilitam a observação dos órgãos.
Nos dias seguintes à realização da biópsia, o local onde foi realizada a perfuração necessita ser limpo e desinfetado, seguindo as solicitações médicas, podendo o paciente ter a necessidade de tomar antibióticos que auxiliem na cicatrização.
De maneira geral, esse procedimento é muito simples e é realizado em um ambulatório. As complicações da biópsia dependem do tipo de intervenção. Em um aspecto geral é possível ter o agravamento de lesões por hemorragias, infecção ou formação de fístulas.