A PAAF é contraindicada quando o paciente:

 Possui massas muito profundas;
 Há algum problema de coagulação, doenças em que o paciente sangra com mais facilidade;
 Faz uso de anticoagulante;
 Tem pulmão enfisematoso, doença causada por um paciente que fuma muito, porque esta pode causar pneumotórax, ar dentro do peito e fora dos pulmões, o que dificulta o exame;
 Tem hipertensão arterial pulmonar, o que pode causar hemorragia;
 Tem tumores carotídeos, que são vasos de grosso calibre que passam na lateral do pescoço e podem causar intensos sangramentos;
 Tem um tumor suprarrenal, que ao ser manipulado de forma errada, pode lançar adrenalina na corrente sanguínea do paciente, o que causa uma crise hipertensiva.